Tu devrais toujours utiliser le gestionnaire de paquet par défaut (Synaptic, lui même basé sur APT) pour Ubuntu.
L’inconvéniant d’en avoir plus d’un, c’est la situation que tu viens d’expérimenter. À savoir, des problèmes de chemin d’accès vers 2 références similaires à des endroits différents sur le système.